U modernom Japanu još uvijek postoji u tajne Reda misteriozne nindža ratnik. Neki od tih vojnika čak i uzeti naloge za ubijanje kriminalaca koji drže visoke položaje u vladi. Danas je u Gun Ninja igre ćemo igrati za takvu plaćenik. On je dobio nalog za ubistvo, a sada mu je potrebno da se u zaštićenom imanje. Vješto prolazi kroz hodnicima, skakanje preko praznine u podu i izbjegavanje zamke, mi ćemo ići naprijed. Imamo, naravno, vojnici će napasti zaštitu, ali mi koristimo vatreno oružje će ih sve pobiti. Glavna stvar ne dozvoliti da ti se približim, jer onda oni mogu vam oštetiti vaš mačevima i svoj lik će biti ubijen. Ali možete usput da prikupi pribor za prvu pomoć da bi se njihov životni standard.
