U drevnom Japanu postojali su posebni hramovi u kojima su se spremali takvi ratovi poput nindže. Vi u igri Ninja Runs 3d idite na neku od njih i pomognete jednom nindži da prođe kroz razne vrste treninga. Danas će vaš heroj morati trčati posebno izgrađenom stazom prepreka zajedno s ostalim nindžama i prvo doći do cilja. Vi ćete upravljati njegovim postupcima. Morate preskočiti mnoge prepreke, prijeći razne prepreke i obaviti mnogo više radnji koje će pomoći vašoj nindži da pobijedi u takmičenju.
