Ludi profesor Thomas još jednom provodi eksperimente u svojoj tajnoj laboratoriji. Neuspjeli pokušaj miješanja različitih hemikalija izazvao je eksploziju, a u zraku su se pojavile kuglice napunjene otrovnim gasom. Postepeno pune sobu. Vi u igri Profesor Bubble Shooter moraćete pomoći naučniku da ih se riješi. Za to će naš heroj upotrijebiti poseban top koji će ispaliti pojedinačne naboje. Morat ćete pronaći gomilu mjehurića iste boje i kroz njih pustiti naboj potpuno iste boje. Tako ćete ih uništiti i dobiti bodove za to.