U drugom dijelu igre „Virus Ninja 2“ pomoći ćete hrabrom ninja ratniku u borbi protiv raznih virusa. Pred vama će se na ekranu pojaviti igralište na kojem će se pojaviti razne bakterije. Oni će se kretati u različitim smjerovima i različitim brzinama. Da biste ih uništili trebat ćete koristiti mač. Pažljivo pogledajte ekran i upravljajte predmetima mišem. Tako ćete udariti bakterije i sjeckati ih u komade. Ponekad se među tim predmetima mogu pojaviti bombe. Ne bi trebalo da ih ljuljate.
