Pustolovine Tome i Jerryja svode se na to da jedan od junaka griješi drugog, a zatim mačka trči za mišom za bilo kakvim ishodom. U igri Tom i Jerry Run, pomoći ćete mišu. Najčešće je žrtva nepravde i mora pobjeći. Ovaj put će morati trčati dugo i daleko, ali to je na vama. Vodite heroja tako da izbjegava prepreke ili skače po njima. Sakupite kovanice i komadiće sira. Novac možete potrošiti u trgovini kupujući ono što ima na zalihama. Opšti zadatak je da se miš pokrene što dalje.
