U blizini malog sela koje se nalazi u Japanu pojavili su se živi mrtvaci. Noću lutaju po naselju i hvataju ljude. Hrabri nindža ratnik Kjoto dobio je naređenje od cara da uništi zombije. Vi ćete u igri Ninja Versus Zombie pomoći nindži u tome. Pred vama na ekranu će se nalaziti oblast u kojoj će se vaš lik nalaziti. Pomoću kontrolnih tipki upravljat ćete akcijama nindže. Morat će trčati naprijed preko terena i pažljivo razgledati. Usput će moći skupljati zlatnike i druge predmete razbacane po cijeloj lokaciji. Čim sretnete zombija, napadnite ga. Koristeći različita oružja iz arsenala nindža, uništit ćete zombije u igri Ninja Versus Zombie i za to dobiti bodove.