U trećem dijelu igre Sonic Advance 3, nastavit ćete pomagati hrabrom Sonicu i njegovim prijateljima u borbi protiv ludog Dr. Evil-a. Ludak želi da izgradi cijeli grad u kojem će uzgajati čudovišta. Za to će mu trebati kamenje Haosa. Sonic ih mora prvo pronaći. Pred vama će na ekranu biti vidljiv vaš lik i njegov pratilac. Koristeći kontrolne tipke, kontrolirat ćete radnje oba heroja odjednom. Morat ćete ih natjerati da se kreću po lokaciji i pažljivo sve pregledaju. Potražite kamenje i predmete razbacane posvuda i skupite ih. Na svom putu ćete naići na prepreke i zamke koje će vaši junaci morati da preskaču. Ako sretnu čudovišta, onda će ih likovi moći zaobići ili uništiti tako što će se pridružiti bitci. Za ubijanje protivnika dobit ćete bodove u Sonic Advance 3.