Dječak nindža želi da dokaže svom učitelju da je spreman za ozbiljne izazove i da mu se mogu povjeriti odgovorni zadaci. U igrici Ninja Boy Flying, on je tajno otišao u opasno područje naseljeno pljačkašima i svim vrstama kriminalnih elemenata. Heroj ga namjerava trčati velikom brzinom, a tamo gdje je potrebno savladati široke prepreke, koristit će klizeći let. Neprijatelji će trčati prema vama i možete ih ili preskočiti ili ih ukloniti spretnim bacanjem shurikena - čelične zvijezde oštrih rubova. Morate brzo reagirati na prepreke i još brže odlučiti kako ih savladati u Ninja Boy Flyingu.