Niko ne osporava dostignuća Teenage Mutant Ninja Turtles i Power Rangersa, međutim, oni se nisu mogli složiti među sobom i svaka grupa tvrdi da je superiorna. Kako bi saznali ko je najbolji, junaci su odlučili dogovoriti međusobne borbe i one će početi čim uđete u igru Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Vi birate borce koji će prvi ući u arenu. Nakon niza bitaka, samo jedan pobjednik bi trebao ostati. Niko vas ne obavezuje da navijate za nekoga, vi birate heroja za sebe i promovirat ćete ga, pomažući da se pobijedi sve rivale u Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.