U Matrixu je stvoreno nekoliko prototipova, a jedan od njih, broj 09435, pokazao se najuspješnijim. Ovo je digitalni dječak koji je počeo da se razvija na nevjerovatan način brzo i ubrzo je poželio da istražuje vanjski svijet. Pronašao je način da napusti matricu i otišao je do Prototype Guya. Kreatori su odlučili da se ne miješaju s tipom, traže od vas da mu pomognete da se prilagodi, savladavajući prepreke. Potrebno je preskočiti oštre šiljke i kvadratne robote. Usput, roboti se mogu uništiti skakanjem direktno na njih. Ako se prepreka ne savlada, heroj će početi iznova u Prototype Guy.
