Najrazličitiji univerzumi, jedan za drugim, zarobljeni su od strane čudovišta Skibidi toaleta. Mario pomno prati vijesti i shvaća da će prije ili kasnije stići u Kraljevstvo gljiva. Odlučio je to spriječiti i otišao u zarobljene svjetove da uništi tamošnje zlikovce. Odlučio se na to s razlogom, naš junak je dugo služio u obavještajnoj službi, iako malo ljudi zna za to i ima sve potrebne vještine. Heroj će se naći na teritoriji koju su zauzela Skibidi čudovišta. Vodoinstalater sa špijunskim vještinama mora izvidjeti područje i pokušati da sve bude što tiše. Međutim, potpuna tišina se ne može postići. Kontrolišite njegovo kretanje strelicama. Na putu će se naći prepreke koje morate preskočiti. Sukobi su neizbježni i vrijedi se unaprijed pripremiti za njih kako biste napali sa najpogodnije pozicije. Vaši neće moći koristiti oružje, jer će glasni pucnji privući nepotrebnu pažnju na njegovu osobu. Uključite se u borbu prsa u prsa s neprijateljem, udarite tipkom Z i idite naprijed u Super Spy Mario VS Skibidi toaletu. Svaki završeni nivo će biti nagrađen i moći ćete ojačati Maria.