Ninja se upravo vratio sa planinarenja i odlučio da poseti svoj rodni manastir, gde je učio i svog omiljenog učitelja, koji mu je dao ogromno znanje i naučio ga kako da kontroliše svoje telo i duh. Zatekao je monahe u malodušju i velikoj frustraciji. Dan ranije, crveni samuraj je napao manastir i ukrao zbirku drevnog kamenja sa runama. Riječ je o svetom kamenju koji se vekovima čuva u manastiru. Naš junak se zakleo da će vratiti sve ukradeno i odmah krenuo na put. Pomozite heroju u Ninja Run-u da ispuni svoju svetu misiju. Ninja će trčati, a vi ćete mu pomoći da na vrijeme preskače prepreke i neprijatelje, skupljajući kamenje.
