Nindže su se pojavile u srednjovjekovnom Japanu i služile su kao špijuni, izviđači i izviđački saboteri. Nosili su tamnu odjeću, pokrivali su lica i uglavnom su operisali noću, nečujno se kretali i izvršavali zadane zadatke. Sve nindže su savladale veštinu ninjutsua. U suštini, nindže su tip ratnika koji se koristi u specijalnim operacijama, poput japanskih specijalnih snaga. Junaku igre Ninja Speed Runner također je povjerena tajna misija, pa se brzo kreće. Shurikeni lete prema njemu, od čega mora izbjeći, a vi ćete mu pomoći u tome, prisiljavajući heroja da skoči ili se sagne u Ninja Speed Runneru.
