Mariove avanture se nastavljaju u Super Mario Flash 2. njegova prethodna misija spašavanja princeze Breskve bila je uspješna, ali junak nije morao dugo da miruje na lovorikama. Jadna princeza je ponovo kidnapovana i ovoga puta to je učinio zmaj. Smjestio je zarobljenika u kulu i zahtijeva potpunu pokornost od Kraljevstva gljiva. Mario još nije imao vremena da se odmori, ali je ponovo krenuo na put. Ovaj put će se morati suočiti s više neprijatelja, oni će napadati u gomilama. Budite brzi i okretni dok skačete na glave svojih neprijatelja i uništavate ih u Super Mario Flashu 2.