Specijalni voz koji vozi od Antarktika do džungle mogao bi prestati da postoji, a razlog je dotrajalost željezničkih pruga. Životinje, u strahu od gubitka jedinog prevoza koji im omogućava da putuju, obratile su se Dijegu za pomoć u Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Dječak je spreman pomoći, uključivši vas u provedbu svog plana. To uključuje popravku puta, ali prvo morate staviti sve životinje u vagone. Putnici pristaju da putuju samo u društvu svoje vrste, tako da postoji poseban vagon za pingvine, jelene, medvjede i tako dalje. Kada sve životinje budu postavljene, voz će započeti svoje putovanje i prije svake stanice morate sastaviti cestu kao slagalicu okretanjem pojedinih sekcija u Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.
