Igra Alien Quarantine odvija se na teritoriji tajne laboratorije u kojoj se izvode eksperimenti na zarobljenim vanzemaljskim stvorenjima. Jedan od vanzemaljaca je uspio da se oslobodi, ostale je oslobodio i u laboratoriji je nastao pravi haos. Junak igre Alien Quarantine poslan je u izviđanje, ali se suočava s opasnim neprijateljem. On treba da obnovi sigurnosni sistem kako bi spriječio da čudovišta provale u druge sektore. Da biste to učinili, morate aktivirati nekoliko uređaja, kretati se i pucati, izbjegavajući napade vanzemaljaca.
