Nindža kornjače su se vratile sa svog narednog zadatka i otkrile su da njihov učitelj Splinter nedostaje. U Manhattanu u posljednje vrijeme nemirni, bilo je mnogo mutanata i netko iza njih. Izaberite lika koji prvi put ide u bitku sa mutantima. Leonardo je majstor katan borbe, vođa tima Raphael vješto rukuje Sayes, Donethello koristi specijalno osoblje, a Michelangelo preferira nunchaku. Pomoći će im do aprila, majstorski je vlasnik zelene bejzbol magije.
